坚守原城的起义军和幕府军队都伤亡惨重。4月4日,起义军突围未遂,从俘虏口中幕府军队得知堡内已缺乏粮食。4月12日,幕府军连同九州众大名,合共12万5800多,开始攻打原城,克服守军的拼死抵抗,15日攻克原城。幕府约1万人战死,包括天草时贞的约3万7千名起义者和同情者被斩首,生还者中,只有负责内通的山田作右卫门一个。天草的首级被送往长崎,原城城堡被毁。

农民起义的领袖、反抗暴政的英雄,在小说家的眼里成了要把民众带入地狱的黑暗魔王——是什么仇恨使他的名字遭到如此歪曲,以至于死了以后都得不到一点的安宁呢?
